רבים הסבורים כי כשרות הדגים הינה תחום פשוט לפיקוח, וכי סימני הכשרות ניכרים וקלים לזיהוי, אך בדורות האחרונים רבו המכשולות בענין. פוסקי הדור זצ"ל ויבדלח"א קבעו כי בדגי המאכל המיובאים לארץ כמו הגדלים בה, יכולים להשתרבב דגים שאינם כשרים למאכל ולכן חובה לפקח עליהם באופן מדוקדק.
כיום ידועים בעולם כמה מאות משפחות של דגים, אשר בכל אחת מהן עשרות ומאות זנים של דגים, כאשר בתוך אותה 'משפחה' יכולים להיות דגים כשרים וטמאים, ונדרשת בקיאות רחבה כדי לדעת ולהבחין בכל זן וזן. לא מספיק להכיר את סוגי הדגים הכשרים המצויים, חייבים בקיאות מיוחדת לדעת ולזהות כל דג לאיזו משפחה הוא שייך, מאיזה אזור הוא מגיע, ואם הוא כשר במאת האחוזים. ניתן בקלות רבה להחליף בין דגים כשרים לטמאים שדומים להם בצורה כמעט מושלמת.
הדגים המפוקחים על ידי מערך הכשרות של בד"ץ "שארית ישראל" זוכים לפיקוח הדוק על פי נהלי כשרות מחמירים. הנהגה המיוחדת לבד"ץ "שארית ישראל" היא בדיקה פרטנית של הדגים, דג דג, כהוראת מרן בעל החזו"א זצ"ל, ולא רק באופן מדגמי.
בעלי המפעלים לדגים ברחבי העולם, כבר מכירים את הנהלים המיוחדים והקפדניים של משגיחי הכשרות של בד"ץ "שארית ישראל", ואת העובדה כי בעת השגחה על ייבוא דגים מטעם "שארית ישראל" הליך המיון והאריזה לוקח זמן ממושך מהרגיל, בשל הדרישה הבלתי מתפשרת לבדוק דג דג.
נושא נוסף שעומד בפני משגיחי הכשרות של "שארית ישראל" בעת הכנת המשלוח לשיווק מהרגע הראשון, הוא שלילה מוחלטת של נגיעות כלשהי של תולעים. גם לאחר הגעת המשלוח למחסני השיווק בארץ, נערכת בדיקה קפדנית נוספת לוודאי שהכל הגיע בצורה מסודרת וללא חשש תולעים.
נכון להיום, בדגים הבאים בכשרות "שארית ישראל" אין כל חשש של נגיעות תולעים: נסיכת הנילוס, פילה מושט, דג סול וטונה. בדג סלמון נורבגי פילה ופרוס, נערך 'קשקוש' (הסרת קשקשי הדג והעור), ואחרי הקשקוש אין בהם חשש תולעים. דג הבקלה אינו מאושר לשיווק בשל נגיעות רבות של תולעים.
